Zarówno św. bp Cyryl, jak i abp Nestoriusz mieli dobre wykształcenie filozoficzne. Oparte ono było na dziełach Arystotelesa. Obaj posługiwali się późnostarożytną, arystotelesowską terminologią naukową. Kluczowymi pojęciami, które używali, były istota (ousia), natura (physis), hipostaza (hypostsis) czy osoba (prosopon). Różnili się wykształceniem teologicznym. Cyryl był przedstawicielem tzw. szkoły aleksandryjskiej, natomiast Nestoriusz tzw. szkoły antiocheńskiej. Cyryl uważał się za kontynuatora myśli teologicznej św. bp. Atanazego z Aleksandrii. Abp Nestoriusz był uczniem bp. Teodora z Mopsuestii.
Stanowisko Nestoriusza Abp Nestoriusz był filozoficznym i teologicznym konserwatystą. W filozofii bronił klasycznej, arystotelesowskiej definicji Absolutu. Pojmował Boga jako byt transcendentny, który jest przyczyną istnienia wszechświata, ale pozostaje od tego wszechświata ontologicznie oddzielony.
Według biskupa Konstantynopola Absolut nie jest bytem empirycznym, nie posiada ciała. Dlatego Bóg z definicji nie ma matki. Bóg nie cierpi i nie umiera. Nawet, gdyby błędnie założyć, że Absolut – wbrew swojej istocie (ousia) i naturze (physis) – narodził się z kobiety, a następnie umarł, to ontologiczne i soteriologiczne implikacje takiego stanowiska były nie do utrzymania. Jeżeli Bóg, który daje życie, umarł na krzyżu, to kto Go wskrzesił z martwych? – pytał abp Nestoriusz.