W 1939 roku, równocześnie z Maksem Perutzem, prowadził krystalizację białek i planował ich badania rentgenograficzne, co nie nastąpiło z powodu wybuchu wojny.
W okresie radzieckiej okupacji kierował katedrą chemii fizjologicznej w lwowskim Instytucie Medycznym, a podczas okupacji niemieckiej Staatliche Medizinische und Naturwissenschaftliche Fachkurse.
Po wojnie przeniósł się do Wrocławia, w 1947 izolował i opisał dehydrogenazę fosfoglicerolową, zwaną „enzymem Baranowskiego”. Do 1950 roku był kierownikiem katedry chemii fizjologicznej Uniwersytetu Wrocławskiego, a następnie przez 20 lat Akademii Medycznej we Wrocławiu. W latach 1965–1968 pełnił także funkcję rektora tej uczelni. W latach 50. był inicjatorem uruchomienia w Polsce przemysłowej produkcji preparatów ACTH. Od 1970 roku był przez następne 10 lat dyrektorem Instytutu Biochemii i Biofizyki, a przez następny rok Instytutu Fizjologii i Biochemii.