Unternehmen „Tannenberg”) miał bezpośrednio czuwać sam szef SD – Reinhard Heydrich.
Po rozpoczęciu kampanii wrześniowej, realizację założeń operacji „Tannenberg” zapewniały w pierwszym rzędzie utworzone specjalnie w tym celu grupy operacyjne niemieckiej policji bezpieczeństwa i służby bezpieczeństwa (tzw. Einsatzgruppen), które podążały w ślad za regularnymi formacjami Wehrmachtu. Na Pomorzu akcję eksterminacyjną prowadziła początkowo Einsatzgruppe IV (dowódca: SS-Brigadeführer Lothar Beutel) podążająca za oddziałami niemieckiej 4 Armii, wspierana przez Einsatzgruppe V (dowódca: SS-Standartenführer Ernst Damzog) idącą w ślad za formacjami niemieckiej 3 Armii. Opuściły one jednak Pomorze między 15 a 20 września 1939 r.
Struktura i kadry jednostki Einsatzkommando 16 utworzono oficjalnie w Gdańsku w dniu 12 września 1939 r. Powstało ono jako ostatnia spośród Einsatzgruppen, wyznaczonych jesienią 1939 r. do działań na terytorium Polski. EK 16 przynależało do rejonu „wojskowego zarządcy Prusy Zachodnie” i tym samym obejmowało tereny rozpracowywane wcześniej przez EG IV i V. W przeciwieństwie jednak do pozostałych Einsatzgruppen – podążających stale za walczącymi oddziałami i łączących działania eksterminacyjne z zabezpieczaniem tyłów Wehrmachtu, działalnością wywiadowczą itp.