– EK 16 pozostawało najbardziej statycznym ze wszystkich komand, a jego zadanie sprowadzało się wyłącznie do likwidacji polskiej inteligencji na obszarze Pomorza Nadwiślańskiego. Niemiecki historyk Dieter Schenk napisał, iż: „Komando 16 w Gdańsku ze swoimi rozmaitymi podgrupami było po prostu plutonem egzekucyjnym, którego zadanie polegało tylko na tym, aby realizować żądanie szefa policji bezpieczeństwa i SD [Heydricha] codziennego zwiększania liczby egzekucji”.
Na czele Einsatzkommando 16 stał dyrektor rządowy (Regierungsdirektor) i SS-Sturmbannführer dr Rudolf Tröger. Przed wybuchem wojny Tröger pełnił funkcję kierownika policji kryminalnej w Wolnym Mieście Gdańsku (de facto szefa gdańskiego Gestapo), gdzie przysłano go z Berlina jeszcze w kwietniu 1938 r. Tröger mimo stosunkowo niskiego stopnia był niewątpliwie jednym z ważnych współpracowników partyjnego kierownictwa Okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie i partnerem w rozmowach z gauleiterem Forsterem.
Oddział składał się z około 100 funkcjonariuszy Gestapo i Kripo, wspieranych przez niewielką liczbę członków SS i policji.