Tylko w samej Gdyni, pod koniec września 1939 r., Einsatzkommando 16 aresztowało w ciągu dwóch dni blisko 4 tysiące osób.
Einsatzkommando 16 zorganizowało na Pomorzu osiemnaście obozów dla internowanych (po rozwiązaniu EK 16 obozy były nadzorowane przez Gestapo), w których więziono Polaków aresztowanych w ramach operacji „Tannenberg” i kolejnej akcji eksterminacyjnej, przeprowadzonej pod kryptonimem Intelligenzaktion Pommern. Obozy te znajdowały się w między innymi w miejscowościach: Bydgoszcz, Chełmno nad Wisłą, Gniew, Grudziądz, Kartuzy, Pelplin, Puck, Tczew, Skarszewy, Skórcz, Starogard Gdański, Świecie, Wąbrzeźno, Wejherowo, Zblewo.
Na początku października 1939 r. odbyła się narada kadry dowódczej EK 16, podczas której dr Tröger przekazał zgromadzonym polecenie Reichsführera-SS Himmlera, aby „sprzątnąć polską inteligencję”. Wkrótce później na całym Pomorzu rozpoczęły się masowe egzekucje. Przy realizacji akcji eksterminacyjnej członkowie Einsatzkommando 16 współpracowali z pomorskim Selbstschutzem (paramilitarna formacja złożona z przedstawicieli niemieckiej mniejszości narodowej, zamieszkującej przedwojenne terytorium Rzeczypospolitej) oraz ze specjalnym oddziałem Wachsturmbann „Eimann”, złożonym z członków gdańskiego SS.