Einsatzkommando 16 stacjonowało w całości w Gdańsku do 26 września 1939 r. Następnie jednostkę podzielono, tworząc oddziały w Gdyni, Toruniu i Bydgoszczy oraz mniejsze filie w Kościerzynie, Starogardzie Gdańskim, Tucholi, Grudziądzu i Brodnicy. Pododdziały EK 16 przy współpracy z innymi formacjami niemieckimi zaczęły rychło organizować wielkie obławy na Polaków, zwane eufemistycznie „akcjami oczyszczającymi” (niem. Säuberungsaktion), podczas których aresztowano tysiące przedstawicieli polskiej elity politycznej, gospodarczej i intelektualnej z Pomorza. Na podstawie przygotowanych wcześniej list proskrypcyjnych Sonderfahndungsbuch Polen zatrzymywano zwłaszcza księży katolickich, nauczycieli, lekarzy, dentystów, weterynarzy, oficerów, wyższych urzędników, wielkich kupców, wielkich właścicieli ziemskich, pisarzy, redaktorów, pracowników służb mundurowych, żołnierzy powracających do swych domów, jak również członków organizacji i stowarzyszeń krzewiących polskość – przede wszystkim Polskiego Związku Zachodniego, Ligi Morskiej i Kolonialnej, Związku Obrony Kresów Zachodnich, Kurkowego Bractwa Strzeleckiego, Towarzystwa Powstańców i Wojaków oraz Polskiego Towarzystwa Gimnastycznego „Sokół”.