Wiosną 1945 zabronił żołnierzom Podokręgu szukania kontaktów z Ukraińską Powstańczą Armią przeciwko Sowietom.
18 lipca 1945, w przeddzień zaplanowanego wyjazdu z raportami do Krakowa, Pieńkowski został aresztowany przez Urząd Bezpieczeństwa. Pod wpływem rozmów z płk. Nowikowem i szefem WUBP w Rzeszowie Władysławem Sobczyńskim wydał 26 lipca z więzienia inspektorom rozkaz ujawnienia się i zdania broni, co udaremnił mianowany przez niego pełnomocnikiem na czas wyjazdu mjr Wincenty Rutkowski. Zwolniony 16 października z zadaniem ujawnienia struktur i dokumentów Podokręgu w porozumieniu z Komisją Likwidacyjną AK Obszaru Południowego w Krakowie, Pieńkowski nie wykonał zobowiązań i trafił ponownie do więzienia w Rzeszowie 24 lub 26 października 1945. Na wolność wyszedł 22 grudnia 1945 za wstawiennictwem ppłk. Jana Mazurkiewicza i płk. Putka, po czym wziął udział w pracach Komisji Likwidacyjnej Podokręgu Rzeszów dla spraw byłej Armii Krajowej.
Osiadł w Poznaniu, gdzie znalazł zatrudnienie w Tymczasowym Zarządzie Państwowym. W latach 1955–1975 znajdował się pod obserwacją UB i Służby Bezpieczeństwa. W 1965 ukończył wspomnienia z okresu formowania się II RP, które ukazały się drukiem w 2013.