jego kontrzarządzenie zostało rozplakatowane w mieście przez patrole komórki propagandowej Zygmunta Merty ps. Pula. 26 stycznia 1945 podczas wizyty w Krakowie Pieńkowski został wyznaczony przez płk. Przemysława Nakoniecznikoffa-Klukowskiego tymczasowym komendantem Podokręgu AK Rzeszów w likwidacji pod pseudonimem Hubert, z rozkazem powstrzymania akcji Putka aż do użycia siły włącznie. Przeciwko przejęciu dowództwa przez Pieńkowskiego wystąpił mjr. Łukasz Ciepliński, który 30 stycznia sam odwiedził Nakoniecznikoffa w Krakowie. 5 lutego 1945 Pieńkowski rozkazem wykonawczym o rozwiązaniu Armii Krajowej rozpoczął likwidację Podokręgu Rzeszów, z której zdawał comiesięczne raporty do Krakowa. Choć Nakoniecznikoff nakazał zakończenie likwidacji do końca marca, misja Pieńkowskiego była przewidziana do połowy maja, a następnie przedłużona na jego wniosek do lipca. Zastępcą Pieńkowskiego został mjr Józef Rządzki. Pieńkowski przywiózł z Krakowa pieniądze na jednorazowe wypłaty dla żołnierzy inspektoratów w likwidacji Przemyśl i Krosno (Ciepliński jako inspektor rzeszowski miał własny dostęp do zasobów Okręgu Kraków), a 8 marca przekazał trzem inspektorom wytyczne dotyczące organizacji propagandy. Jego rozkaz z 27 lutego o zmagazynowaniu broni i sprzętu został zbojkotowany w Inspektoracie Rzeszów.