Poglądy Określa się jako krytyk islamu. Stwierdził, że niechęć do tej religii ukształtował w młodości jego pobyt w Izraelu. Islam określił jako brutalną ideologię stanowiącą zagrożenie dla Europy. Wskazał przy tym, że nienawidzi tylko islamu, a nie muzułmanów. Głosił postulaty zawieszenia przyjmowania imigrantów, deportacji osób podejrzanych o wrogość wobec Holandii, a także burzenia meczetów. Domagał się zakazu dystrybucji Koranu, który zestawiał z książką Mein Kampf. Swoje poglądy dotyczące islamu zawarł m.in. w kilkunastominutowym filmie Fitna.
Był oskarżony w procesie karnym o podżeganie do nienawiści i dyskryminacji wobec muzułmanów. W 2011 został uniewinniony – sąd uznał, że jego twierdzenia mimo obraźliwego charakteru mieściły się w granicach debaty publicznej. W kolejnym postępowaniu zarzucono mu również nawoływanie do nienawiści i dyskryminacji (w związku z jego wypowiedziami dotyczącymi Marokańczyków w Holandii z 2014). W 2016 został uznany za winnego, jednak w 2020 w wyniku odwołania uniewinniono go od zarzucanych czynów, uznając, że Geert Wilders działał dla osiągania celów politycznych (a nie w celu dyskryminacji).