Z innych rejonów Estremadury zgłosiło się zaledwie 19 ochotników. W ciągu trzech miesięcy Pizarro kupił i wyekwipował trzy statki, „Santiago”, „Trinidad”, „San Antonio”, oraz zebrał 120 ochotników, wśród których był skład sześciu nakazanych dominikanów (min. Vincente de Vaverde) oraz skarbnik korony Alonso de Riquelme. Pizarro nie uzbierał wymaganej w kontrakcie liczby ochotników. Bojąc się, że władze nie pozwolą mu wypłynąć, popłynął sam, zostawiając brata Hernanda oraz kapitana Candię, aby załatwili sprawę z władzami. Wyruszył w styczniu 1530 roku.

Imperium inkaskie Królestwo Inków zwane Tahuantinsuyu rozciągało się wówczas na obszarach dzisiejszego Peru, Ekwadoru i Boliwii, a także części Kolumbii, Chile i Argentyny. Pomimo że technologia Inków stała na poziomie epoki brązu (nie znali oni obróbki miedzi ani żelaza), królestwo dzięki wspaniałej sieci dróg posiadało wspaniałą infrastrukturę i było świetnie zorganizowane. Stolica państwa znajdowała się w Cuzco, mimo to rządzący od roku 1493 Huayna Capac na swoją rezydencję wybrał Quito. Początkowo Pizarro sądził, że Tahuantinsuyu to małe górskie miasteczko, w rzeczywistości było to imperium zamieszkane przez 12 mln ludzi. Archeolodzy ustalili, że najstarsze ślady Inków pochodzą z ok. 1200 r. n.e.