Władca poślubił swoją siostrę Coyi Cusi Rimay, z którą miał syna Ninancuyochiego. Po jej śmierci, poślubił młodszą siostrę, Coyę Rahua Ocllo, która dała mu Topę Cusiego Huallpę, zwanego Huascar (lub Guascar). Był on zarządcą Cuzco oraz południowych ziem. Wśród setek potomstwa był również Atahualpa (lub Atawallpa), którego matka była kuzynką Inki. Uważany był za ulubionego potomka Huayna. Byli też jeszcze inni synowie, którzy rywalizowali o władzę.
W ostatnich latach życia Huayna Capaca krainę spustoszyła ospa. Szaman władcy uznał to za karę zesłaną przez boga Wirakoczę. W całym imperium kazano złożyć ofiarę z tysięcy dzieci. Podczas postu i medytacji, władca ujrzał duchy trzech karłów, widzenie uznał za zapowiedź swojej śmierci. Następnie wezwał wróżbitów, by pomogli wybrać kandydata na jego następcę. Najwyższy kapłan czytał z wnętrzności martwych lam, wróżba była niepomyślna dla Ninancuyochiego oraz Huascara. Kolejnych prób nie powtórzono. Po śmierci Huayna złożono w ofierze 1000 jego najbliższych służących, aby mu usługiwali po śmierci. Najwyższy kapłan Villaoma zaproponował tron Ninancuyochiemu, lecz ten kilka dni później umarł. Prawdopodobnie to Coya Rahua Ocllo odegrała istotną rolę w obwołaniu przez Villaomę, Huascara jako władcy.