29 stycznia 1916 Nungesser został ciężko ranny w katastrofie oblatywanego samolotu, m.in. doznał złamania nóg i przebicia podniebienia, lecz już 28 marca, nie wyleczony do końca, powrócił do latania w swojej jednostce. W tym okresie toczyła się bitwa pod Verdun, wiążąca się ze wzmożoną aktywnością obu stron w powietrzu. Nungesser odniósł kilkanaście kolejnych zwycięstw, latając myśliwcem Nieuport 17. Na skutek intensywnego latania i doznanych w tym czasie kilkakrotnie dalszych ran, dzielił praktycznie czas pomiędzy latanie i pobyt w szpitalu a do kabiny samolotu wsiadał i wysiadał z niej z pomocą mechaników. Do grudnia 1916 Nungesser miał już na „koncie” 21 zestrzelonych samolotów i balonów. Doznał w tym okresie m.in. złamania szczęki i wybicia kolana.
Po dłuższym okresie odpoczynku, w maju 1917 ponownie powrócił na front, mimo że lekarze uznawali go za niezdolnego do służby. Stacjonował teraz w okolicy Dunkierki. 12 maja Nungesser, wyzwany na „pojedynek” przez Niemców, dostał się w zasadzkę 6 niemieckich myśliwców, na skutek czego zestrzelił dwa myśliwce Albatros, a następnie zestrzelił jeszcze omyłkowo atakujący go myśliwiec angielski.