Według wizytacji z 1603 r. kościół wybudowany w 1515 spalił się po pewnym czasie. Został on odbudowany na nowo, w innym miejscu, w 1542 przez Wernera Oborskiego, a poświęcił go biskup poznański Sebastian Branicki. Jak wynika z dokumentów, już w 1528 nazwa parafii brzmiała Kuflew. Proboszczem w tych latach był Maciej Beda, zmarły w 1531, a w wykazie 9 miejscowości kuflewskich nie ma wsi Stok, z czego wynika, że włączono ją do gruntów założonego w 1521 na prawie magdeburskim miasteczka Kuflew. Jak wynika z dokumentów, w 1603 kościół parafialny posiadał cztery ołtarze i dwie kaplice, a jego uposażeniem były, oprócz folwarku w Kuflewie, dziesięciny z Kuflewa, Woli Sufczyńskiej, Sokolnik, Rudki i Pobiela. Kościół ten ok. 1620 był tak zniszczony i spustoszony, że nie można było go naprawić, dlatego wdowa po Janie Oborskim, właścicielka miejsca, postawiła obok niego nowy kościół z sosnowych belek. Była to już trzecia świątynia. 15 grudnia 1629 ówczesny biskup poznański Maciej Łubieński poświęcił go pod wezwaniem Świętych Stanisława, Marcina i Marii Magdaleny.