Wobec Marii Kozłowskiej prokuratura wszczęła postępowanie karne z oskarżeniem o udzielanie pomocy osobom zaangażowanym we wspomnianą działalność; poddana została dozorowi milicyjnemu, w lipcu 1969 roku rektor Wyższej Szkoły Rolniczej zawiesił ją w czynnościach pracowniczych, a w grudniu tegoż roku minister oświaty i szkolnictwa wyższego zwolnił ją z pracy. W maju 1970 roku prokuratura zmieniła postawione Kozłowskiej zarzuty i wobec prawdopodobieństwa objęcia ich amnestią, wnioskowała o umorzenie postępowania. Przez cały okres prowadzonego postępowania Kozłowska była inwigilowana: telefon domowy był na podsłuchu, dom poddawano obserwacjom, osoby odwiedzające przesłuchiwano. W chwili zwolnienia z pracy została bez środków utrzymania, później przyznano jej niską emeryturę; utrzymywała się częściowo z uprawy kwiatów w przydomowym ogrodzie oraz drobnych prac redakcyjnych lub recenzenckich w Dziale Wydawnictw Wyższej Szkoły Rolniczej (od 1971 Akademii Rolniczej) i innych wydawnictwach.
Zmarła po długiej chorobie 3 września 1980 roku, pochowana została na Cmentarzu Salwatorskim w Krakowie. Z małżeństwa z Janem Kozłowskim miała dwoje dzieci — córkę Barbarę (ur. 3 grudnia 1940) i syna Macieja (ur.