Dorobek naukowy i poglądy Waldeyer opublikował łącznie 269 pracSobotta J. Zum Andenken an Wilhelm v. Waldeyer-Hartz. Anat Anz 56:1-53 (1922) Cytat za: Winkelmann, 2007, dotyczących anatomii, histologii, fizjologii, patologii, antropologii, historii, sztuki, oraz technik mikroskopowych. Uważany za jednego z ostatnich uczonych podkreślających ważność całościowego podejścia do medycyny. Jako taki rozstrzygał wiele sporów i był w stanie pisać przeglądowe artykuły, które systematyzowały istniejący stan wiedzy. Waldeyer nazwał w 1888 roku chromosomO'Connor, C. & Miko, I. Developing the chromosome theory. Nature Education 1(1), (2008), w 1891 roku neuron, w 1875 roku komórki plazmatyczne. Jego autorstwa jest używane do dziś w piśmiennictwie niemieckim określenie przewodu pokarmowego – die Magenstrasse. Jego wpływ był tym bardziej istotny, że był profesorem prestiżowego na świecie Uniwersytetu Berlińskiego. Prowadził problematyczne prace na temat mózgów Afrykańczyków. Uważał, że kobiety nie powinny studiować medycyny, i że mózg kobiet nie jest odpowiednio uformowany co ogranicza ich zdolności intelektualne. Twierdził też, że kobiety nie powinny zajmować się sekcją zwłok, zwłaszcza mężczyznWaldeyer W. Das Studium der Medicin und die Frauen. Verh Deutsch Ges Naturforsch Ärzte 61:31-44 (1888). Cytat za: Winkelmann (2007).