Obszary są wyznaczane niezależnie od siebie, mogą więc ze sobą sąsiadować oraz przenikać.
Obszary specjalnej ochrony ptaków są wyznaczane samodzielnie przez każde państwo. W celu dodania terenu jako obszar specjalnej ochrony ptaków, udowodnione być musi występowanie gatunków ptaków zawartych w tzw. dyrektywie ptasiej w załączniku 1. bądź wykorzystanie go jako miejsce zimowiska lub postoju podczas wędrówek. Komisja Europejska kontroluje zgodność wyznaczonych obszarów z siecią tzw. IBA. W praktyce każdy obszar spełniający naukowe kryteria IBA musi być wyznaczony jako obszar specjalnej ochrony ptaków.
W zakresie specjalnych obszarów ochrony siedlisk, każde państwo członkowskie musi opracować i przedstawić Komisji Europejskiej listę leżących na jego terytorium obszarów najcenniejszych pod względem przyrodniczym, odpowiadających gatunkowo i siedliskowo wymogom zawartym w dyrektywie siedliskowej. Po przedłożeniu listy, następuje proces ewaluacji i selekcji obszarów na poziomie europejskim. Kluczowym elementem tej procedury jest Seminarium Biogeograficzne na którym ocenia się kompletność sieci dla każdego z gatunków i siedlisk będących przedmiotami ochrony, a występujących w danym państwie.