Następnie Komisja Europejska zatwierdza w trybie decyzji obszary pod nazwą obszar mający znaczenie dla Wspólnoty (Site of Community Importance, SCI) i od tej chwili obowiązują wszystkie przepisy ochronne. Państwo członkowskie ma następnie obowiązek w ciągu 6 lat wyznaczyć obszary krajowym aktem prawnym, co do listy, granic i przedmiotów ochrony obszarów akt ten musi być tożsamy z decyzją Komisji.
Zasady funkcjonowania Obszary Natura 2000 są obszarami ochrony określonych typów siedlisk przyrodniczych oraz gatunków, tj. tylko te gatunki i siedliska są przedmiotami ochrony. Funkcjonowanie obszaru opiera się na trzech kluczowych obowiązkach.
Obowiązek oceny Każdy plan lub przedsięwzięcie, które potencjalnie mogłoby wpływać na obszar Natura 2000, musi być – przed zezwoleniem na nie – ocenione pod kątem tego wpływu. Nie można zezwolić na realizację przedsięwzięcia, którego wpływ na obszar Natura 2000 byłby znacząco negatywny. Obowiązuje przy tym zasada ostrożności – wszystkie racjonalne wątpliwości muszą być interpretowane na korzyść ochrony obszaru, a przeciwko przedsięwzięciu, tj. do zezwolenia na przedsięwzięcie konieczne jest uzyskanie pewności, że znaczący negatywny wpływ jest wykluczony.