Obowiązek proaktywnej ochrony Należy wprowadzić specjalne środki ochronne (np. regulacje prawne, systemy umów, działania ochrony czynnej, ustanawianie i wdrażanie odpowiednich planów), gwarantujące docelowo zachowanie przedmiotów ochrony we właściwym stanie ochrony. Obowiązek ten dla obszarów siedliskowych wywodzi się z art. 6 ust. 1 dyrektywy siedliskowej, a dla obszarów ptasich – z art. 4 dyrektywy ptasiej.
W Polsce obowiązek oceny jest realizowany w formie postępowania administracyjnego; organem właściwym do orzekania o możliwości wystąpienia znaczącego negatywnego wpływu przedsięwzięcia na obszar, i tym samym de facto do rozstrzygania o możliwości realizacji przedsięwzięcia, jest Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska.
Obowiązek zapobiegania pogorszeniom jest realizowany przez bieżące działania organów administracji i organów ochrony przyrody, w szczególności organów sprawujących nadzór nad danym obszarem. Dla wykonania obowiązku zapobiegania pogorszeniom i obowiązku proaktywnej ochrony przewiduje się sporządzanie i ustanawianie, dla każdego obszaru Natura 2000, co najmniej raz na 10 lat tzw. planu zadań ochronnych.