Wyjątkowo, mimo znaczącego negatywnego wpływu przedsięwzięcia na obszar, można na nie zezwolić jeśli jego realizacja wynika z koniecznych przyczyn nadrzędnego interesu publicznego, nie ma możliwości zastosowania rozwiązań alternatywnych oraz zostanie zagwarantowana kompensacja przyrodnicza. Konieczne jest także poinformowanie Komisji Europejskiej o wydaniu zgody (w przypadku oddziaływania na siedliska lub gatunki priorytetowe może być wymagana uprzednia opinia Komisji). Powyższe kwestie reguluje art. 6 ust. 3 i 4 dyrektywy siedliskowej.
Obowiązek zapobiegania wszelkim pogorszeniom Organ sprawujący nadzór nad obszarem Natura 2000 zobowiązany jest zapobiec wszelkim pogorszeniom stanu siedlisk i znaczącemu niepokojeniu gatunków, będących w danym obszarze przedmiotami ochrony. Dotyczy to także zapobieganiu pogorszeniom spowodowanym przez czynniki naturalne, albo pogorszeniom w wyniku legalnej, niewymagającej szczególnych zezwoleń działalności człowieka. Obowiązek ten wywodzi się z art. 6 ust. 2 dyrektywy siedliskowej.