Torfowiska od wielu lat nie są użytkowane. W dalszej części dolina zwęża się, a Ilanka płynie wąwozem o silnie nachylonych ścianach, przypominając rzekę górską. Wąskim pasem obejmują ją lasy łęgowe, miejscami przechodzące w olsy. Do rzeki wpada tu kilka strumieni wypływających ze źródlisk na zboczach. W dalszym biegu dolina rozszerza się, a jej dno zajmują nieużytkowane, silnie podtopione łąki oraz lasy łęgowe.
Flora i fauna Na terenie rezerwatu stwierdzono występowanie ponad 380 gatunków roślin, z czego 320 to rośliny naczyniowe. Ochroną ścisłą objęte są m.in. storczyki – krwisty i szerokolistny, listera jajowata i kruszczyk błotny; wiele gatunków objęto ochroną częściową. Rezerwat jest największą w Polsce znaną ostoją zagrożonego situ tępokwiatowego.
Dolina Ilanki stanowi ważną ostoję zwierząt. Występuje tu około 80 gatunków ptaków, w tym bociany czarne, żurawie, pliszki górskie, dziwonie i pluszcze. Ze ssaków na uwagę zasługują wydra i bóbr, a z ryb – minóg strumieniowy i pstrąg potokowy.