W czasie dwudziestu jeden lat działalności Klemensa w Polsce było wiele niepokojów politycznych. Polska była po I rozbiorze, król Stanisław August Poniatowski był marionetką w rękach carycy Katarzyny. Przeżył w Polsce Sejm Czteroletni i uchwalenie Konstytucji 3 Maja, Targowicę. Wkrótce miały nastąpić II i III rozbiór Polski. Zbliżanie się armii Napoleona również nie było obojętne dla sytuacji politycznej w Polsce. W latach (1807-15) utworzono Księstwo Warszawskie.
Praca redemptorystów odbywała się w trudnych warunkach. Rozbiory Polski pociągnęły za sobą przelew krwi, chociaż Tadeusz Kościuszko odnosił sukcesy w walce, nie mógł powstrzymywać okupantów w nieskończoność. Krwawe walki dotarły do Warszawy, ulice miasta pokryły się licznymi trupami. Podczas Wielkiego Tygodnia 1794 wymordowano jeńców rosyjskich. Wszyscy mieszkańcy oraz ojcowie zdawali sobie sprawę z ciągłego zagrożenia życia. Jesienią 1794 nowe posiłki armii rosyjskiej generała Aleksandra Suworowa uderzyły na Warszawę dokonując bombardowania i bezprecedensowego krwawego odwetu na ludności cywilnej. Trzy bomby przebiły się przez dach kościoła, ale nie wybuchły. W czasie walk, Klemens z towarzyszami głosił pokój, to tylko wzmogło protesty przeciw redemptorystom, określanym już mianem zdrajców.