29 grudnia 1794 Klemens pisał do swojego generalnego przełożonego: Ciężkie nieszczęścia napełniły nas trwogą (...) Po zdobyciu przedmieścia Praga (4 listopada) zostało wymordowanych ponad 16 000 ludzi – mężczyzn, kobiet i dzieci. Musieliśmy patrzeć na te okrutne sceny, gdyż działo się to naprzeciw naszego domu. Jedynie Wisła przepływa pomiędzy tym przedmieściem a naszym domem, który stoi tuż nad brzegiem rzeki. Klemens Hofbauer zorganizował opiekę nad dziećmi ofiar Rzezi Pragi.
W 1807 ogłoszono prawo zabraniające pasterzom innych parafii zapraszania redemptorystów do głoszenia u nich misji. Następnie zaostrzono restrykcje, zabraniając redemptorystom głoszenia i spowiadania w kościele św. Benona. Klemens odwołał się od tych zarządzeń bezpośrednio do króla Saksonii Fryderyka Augusta I, który był księciem warszawskim. Chociaż król wiedział ile dobra czynią ojcowie, był jednak bezsilny wobec przeciwników zgromadzenia, którzy chcieli wyrzucić ich z kraju. Napoleon podpisał 9 czerwca 1808 wyrok skazujący benonitów, jak ich wówczas zwano, na wywiezienie do twierdzy w Kostrzynie nad Odrą. Jedenaście dni później (20 czerwca 1808), w poniedziałek, o 4.30 nad ranem, czterdziestu redemptorystów aresztowano, a kościół św. Benona zamknięto. Akcją deportacyjną dowodził kpt. Józef Szymanowski.