W więzieniu spędzili cztery tygodnie, po czym ich zwolniono i nakazano im powrócić do własnych krajów, jednak bez prawa powrotu do Księstwa Warszawskiego.
Wiedeń We wrześniu 1808 dotarł do Wiednia, gdzie pozostał do swej śmierci (prawie trzynaście lat później). W 1809, gdy wojska napoleońskie zaatakowały Wiedeń, Klemens pracował jako kapelan w szpitalu troszcząc się o wielu rannych żołnierzy. Arcybiskup widząc gorliwość Klemensa, poprosił aby zaopiekował się małym włoskim kościołem w Wiedniu. Pozostał tam przez cztery lata do momentu aż został wyznaczony kapelanem sióstr Urszulanek w lipcu 1813. Dbał tam o dobra duchowe sióstr oraz ludzi, którzy przychodzili do ich kaplicy. Zasłynął jako wspaniały kaznodzieja i dobry, niestrudzony spowiednik.
W pierwszych latach XIX wieku Wiedeń był dużym centrum kulturalnym Europy. Św. Klemens lubił spędzać czas ze studentami i intelektualistami. Studenci przychodzili pojedynczo i w grupach do jego mieszkania, aby porozmawiać, zjeść, zasięgnąć rady. Bardzo wielu z nich potem zostało redemptorystami, wielu bogatych i uzdolnionych artystycznie sprowadził na łono kościoła.