Miesiąc później po raz pierwszy zagrali w finale w Orlando, pokonani przez Jima Couriera i Todda Woodbridge’a.

W czerwcu 2000 Bob Bryan osiągnął swój najlepszy indywidualny rezultat, awansując do ćwierćfinału w Queen’s Club w Londynie. Pokonał po drodze m.in. Tima Henmana, a potem Maksa Mirnego, przegrał z Pete’em Samprasem. Liczne sukcesy w challengerach zapewniły mu 113. miejsce na światowej liście singlowej ATP, według notowań z dnia 13 listopada. Nigdy potem nie był klasyfikowany wyżej w tym rankingu. We wrześniu 2000 awansował wspólnie ze swoim bratem po raz pierwszy do wielkoszlemowego ćwierćfinału, podczas US Open, pokonani przez Ricka Leacha i Ellisa Ferreirę. W lutym 2001 w Memphis Bryanowie po raz pierwszy zakończyli zawody jako niepokonani. Zapewniło im to awans do czołowej pięćdziesiątki deblowej klasyfikacji ATP. Latem wygrali również w Queen’s Clubie i znaleźli się w półfinale Wimbledonu, pokonując w trzecim meczu Björkmana i Woodbridge’a. W tym sezonie zdobyli jeszcze mistrzostwa w Newport i Los Angeles, doszli ponadto do finału w Waszyngtonie.