W kwietniu 2003 roku bliźniacy wywalczyli kolejny tytuł, w Barcelonie. W czerwcu po raz pierwszy został wielkoszlemowym mistrzem w grze podwójnej, a puchar przywiózł z paryskiego French Open. W finale Amerykanie w dwóch setach pokonali Paula Haarhuisa i Jewgienija Kafelnikowa. Dzięki temu sukcesowi Bryan awansował na trzecie miejsce w deblowym rankingu ATP. Finał US Open przegrał w deblu z Bjorkmanem i Woodbridge’em, natomiast u boku Katariny Srebotnik zdobył swoje pierwsze mistrzostwo mikstowe. Wynik z Nowego Jorku sprawił, że Bryanowie zostali nowymi liderami klasyfikacji ATP w grze podwójnej, według notowań z 8 września 2003 roku. Zastąpili na tym miejscu Maksa Mirnego, ale po sześciu tygodniach ponownie musieli oddać prowadzenie Białorusinowi.
W styczniu 2004 jako najwyżej rozstawieni Bryanowie awansowali do finału Australian Open, pokonani przez Michaela Llodrę i Fabrice’a Santoro. Od 2 lutego do 6 czerwca byli najlepszymi deblistami świata według rankingów, stracili tę pozycję po French Open na rzecz Jonasa Björkmana. W listopadzie wygrali Masters Cup, rozgrywane w Houston. W finale ich przeciwnikami byli Wayne Black i Kevin Ullyett.