Poważnym ciosem dla prestiżu Kongregacji Laterańskiej była apostazja opata Pietra Martire Vermigliego, który w 1542 przeszedł na protestantyzm. Generalnie jednak, w okresie reformacji kanonicy laterańscy nie tylko nie ponieśli poważniejszych strat, ale wręcz wzmocnili swoją pozycję. W drugiej połowie XVI i XVII wieku dołączyło do nich szereg wspólnot z krajów dotkniętych postępami reformacji, m.in. cała Kongregacja Windesheim czy szereg wspólnot z Polski, a nieco później kanonicy regularni św. Patryka w Irlandii. W 1564 papież Pius IV przyznał jej honorowy prymat wśród wszystkich zakonów. W 1620 liczyła ona około 80 wspólnot.
W XVIII wieku kongregacja pogrążyła się w kryzysie. Oświeceniowe rządy zamknęły wiele domów zakonnych i wygnały kanoników laterańskich z Toskanii (1778), Lombardii (1781), Republiki Weneckiej (1783) i Sabaudii (1798). Inwazja wojsk rewolucyjnej Francji na Italię w 1799 przypieczętowała los Kongregacji Laterańskiej, która została zlikwidowana wraz z wieloma innymi wspólnotami zakonnymi we Włoszech.