Wskazują na to badanie genetyczne.
Niegdyś opisywano 2 podtaksony zaaarensis i saarensis, uznawane za synonimiczne. Obecnie nie wyróżnia się żadnych podgatunków fenka pustynnego.
Ewolucja Fenek pustynny pojawił się w późnym plejstocenie, aczkolwiek skamieniałości psowatych w Afryce notuje się od miocenu. Szczątki zwierząt przypominających lisa zapis kopalny obejmuje od pliocenu.
Genetyka Diploidalna liczba chromosomów wynosi 64. Wśród autosomów są tylko dwie pary metacentryczne bądź submetacentryczne, cała reszta 29 par jest akrocentryczna. Chromosom X jest duży, submetacentryczny, podczas gdy chromosom Y jest mały.
Budowa thumb|left|Kości fenka pustynnego Fenek pustynny jest niewielkim psowatym. Długość głowy i tułowia fenka pustynnego wynosi między 33,3 a 39,5 cm. Długość ogona mieści się w przedziale między 12,5 a 25 cm. Wysokość w kłębie wynosi około 20 cm. Ssak ten waży pomiędzy 0,8 a 1,87 kilograma. Czyni to fenka pustynnego najmniejszym z psowatych. Niemniej jednak blisko spokrewniony lis afgański może ważyć jeszcze mniej, od 0,8 do 1,6 kg, przy czym osiąga jednak znacznie większe rozmiary: do 80 cm długości głowy i ciała.