W 2004 roku wygrał klasyfikację generalną letniego Pucharu Kontynentalnego. W sezonie 2004/2005 podczas Turnieju Czterech Skoczni zajął w klasyfikacji generalnej 17. miejsce, uzyskując łącznie 735,8 punktów.
W sezonie 2005/2006 po igrzyskach olimpijskich został nieoczekiwanie mistrzem Polski na Wielkiej Krokwi pokonując Adama Małysza o 3,6 punktu. Wcześniej na mistrzostwach świata w lotach narciarskich także był przed Małyszem zajmując 19. miejsce, a Małysz o jedną pozycję niżej.
Sezon 2006/2007 nie był dla niego udany. Na mistrzostwach świata w skokach narciarskich w Sapporo w konkursie drużynowym wystąpił bardzo słabo, poniżej oczekiwań, co przy bardzo dobrej postawie pozostałych kadrowiczów pozbawiło Polskę realnej szansy medalowej. W klasyfikacji Pucharu Świata pierwsze punkty (4) zdobył dopiero w przedostatnim konkursie, 24 marca 2007 roku w Planicy.
W kwietniu 2008 zakończył karierę i został asystentem trenera polskiej reprezentacji Łukasza Kruczka. Rok później został asystentem Hannu Lepistö, trenera Adama Małysza. W maju 2011 roku został trenerem młodzieżowej reprezentacji Polski w skokach narciarskich. Mateja został szkoleniowcem pierwszej podgrupy kadry młodzieżowej Reprezentacji Polski w sezonie 2012/2013.