Najdokładniejsze drzewa mają postać gałęzi zaczynającej się w lewym dolnym rogu i różnymi odgałęzieniami ciągnącej się do rogu górnego prawego. Oś wysokości bywa wtedy wyskalowana w okresach geologicznych. Na takim drzewie można przedstawić nie tylko pokrewieństwo, ale również kiedy dana grupa organizmów się wyodrębniła, kiedy wymarła (jeśli wymarła) oraz jak liczna była w poszczególnych epokach w gatunki (obrazuje to grubość gałęzi).
Zależnie od potrzeb przygotowuje się drzewa filogenetyczne wszystkich organizmów żywych lub tylko wybranych taksonów np. tylko strunowców albo tylko paprotników. Mówimy wtedy o drzewie rodowym strunowców lub o drzewie filogenetycznym paprotników.
Pokrewieństwo Początkowo jedynym wyznacznikiem pokrewieństwa było podobieństwo morfologiczne. Po odkryciu przez Haeckela prawa rekapitulacji zaczęto uwzględniać embriologię, jeszcze później genetykę i immunologię.
Ostatnio zwłaszcza porównywanie sekwencji kwasów nukleinowych np. z mitochondriów jest uznawane za bardzo precyzyjny i wiarygodny wyznacznik stopnia pokrewieństwa pozwalający dodatkowo wyznaczyć w przeszłości czas powstania mutacji/specjacji.