Badania te pozwalają także na wykrycie horyzontalnego transferu genów, jak również na odróżnienie paralogów od ortologów.
Dzięki coraz dokładniejszym analizom wielokrotnie okazywało się, że uznawane powszechnie podobieństwa miały jedynie charakter konwergencji, a co za tym idzie dotychczasowa lokalizacja gatunku, a nawet większych grup systematycznych, okazywała się błędna.
Ponieważ liczba istniejących na ziemi organizmów jest bardzo duża i nie sposób ich wszystkich w krótkim czasie przebadać wszechstronnie, ta sama grupa systematyczna w różnych opracowaniach może mieć różne położenie.
Trudności z ustaleniem pokrewieństwa Problemy z budową drzewa wynikają z przyjętej metodyki badań. Kladystyka umożliwia dokładne ustalenie pokrewieństwa ewolucyjnego, jednak wymaga wielu danych, często z różnych powodów niedostępnych. Dlatego, mimo gwałtownego rozwoju w ostatnich latach taksonomii filogenetycznej, układ gałęzi (kladów) drzewa filogenetycznego wszystkich organizmów żywych, tzw. taksonów, w wielu miejscach jest wciąż wątpliwy i wciąż trzeba spodziewać się wielu zmian, także radykalnych.