Dużym problemem są sytuacje, kiedy organizm powstaje z połączenia dwóch innych, słabo spokrewnionych. W niektórych przypadkach można przyjąć jednego z przodków jako "dominującego" i z niego wyprowadzić pochodzenie potomka, np. uznać porosty za pochodzące od grzybów, a organizmy powstałe z połączenia bezmitochondrialnych eukariotów i pewnych bakterii jako pochodzące od tych pierwszych. Nie zawsze jednak takie postępowanie jest możliwe. Wiele gatunków roślin nasiennych powstaje przez skrzyżowanie dwóch różnych gatunków, jednak tak blisko spokrewnionych, że trudno ustalić przyczynę i kolejność powstania różnic.
Korzeń drzewa filogenetycznego thumb|350px|Drzewo filogenetyczne żywych organizmów
Szczególnie wiele kontrowersji wzbudza okres początkowy powstania życia. Powszechna w organizmach żywych obecność białek oraz kwasów nukleinowych wskazuje na to, że wszystkie współcześnie żyjące (i kopalne) organizmy wywodzą się od wspólnego przodka. Jednak 4 miliardy lat dzielące nas od tego momentu dają duże pole spekulacjom, pomysłom i hipotezom. Współcześnie przyjmuje się, że na samym dole znajdują się bakterie oraz archeany z których wywodzą się eukarionty. Archeany bez eukariotów stanowią grupę parafiletyczną.