W konsekwencji Żmudzini w XVI wieku posiadali autonomiczną i odrębną strukturalnie administrację, szereg przywilejów dla chłopstwa, które w dużym stopniu zachowało status wolnych ludzi (spora ich część ostatecznie stała się szlachtą zagrodową) oraz odrębność sądowniczą wyrażoną zapisem w konstytucji litewskiej z 1581 o utworzeniu Sądu Głównego w Rosieniach, niezależnego od Sądu Głównego Litwy (z tej jednak sami zrezygnowali w zamian za zwiększony parytet w obsadzaniu litewskich władz sądowniczych). Wyrazem odrębności Żmudzi było nazywanie tej krainy Księstwem Żmudzkim.
W XVII i XVIII wieku nastąpiła polonizacja szlachty i duchowieństwa żmudzkiego, na podobieństwo litewskiejJózef Gierowski: Historia Polski 1764-1864. PWN, Warszawa 1983., przy zachowaniu poczucia odrębności regionalnej. Szlachta żmudzka w stosunku do reszty Wielkiego Księstwa była inicjatorką i najbardziej aktywnym uczestnikiem insurekcji kościuszkowskiej, powstania listopadowego i powstania styczniowego. Chłopstwo zachowało język żmudzki i ludową kulturę o cechach kultur bałtyckich, tym niemniej dość aktywnie brało udział we wspomnianych powstaniach, bardziej jednak ze względu na racje religijne i społeczne aniżeli narodowościowe. W 1831 istniało już wśród ludności chłopskiej poczucie odrębności narodowej – w ówczesnej anonimowej pieśni żmudzkiej pt.