Opowiedział się też za bojkotem prac parlamentu wybranego w wyborach w 1996, zarzucając Demokratycznej Partii Albanii oszustwa wyborcze.

W marcu 1997, w okresie gwałtownych niepokojów społecznych i zamieszek wywołanych falą bankructw piramid finansowych, Fatos Nano odzyskał wolność (na skutek porzucenia swoich miejsc pracy przez strażników więziennych), a następnie został ostatecznie ułaskawiony przez prezydenta. Wsparł rząd jedności narodowej socjalisty Bashkima Fino, a następnie poprowadził postkomunistów do wyborczego zwycięstwa. Sali Berisha ustąpił wówczas z funkcji prezydenta, a nowo wybrany na ten urząd Rexhep Meidani 24 lipca 1997 powołał przewodniczącego Socjalistycznej Partii Albanii na stanowisko premiera. Stojąc ponownie na czele rządu, Fatos Nano podejmował działania mające prowadzić do stabilizacji gospodarczej i pozyskiwania funduszy pomocowych m.in. z Unii Europejskiej. W polityce międzynarodowej jego gabinet zmagał się z koniecznością reakcji na sytuację w Kosowa, na tle czego w 1998 doszło do napięć w relacjach z Federalną Republiką Jugosławii. W kraju dochodziło do protestów inicjowanych przez demokratów byłego prezydenta, zwłaszcza po aresztowaniach byłych ministrów i zamordowaniu opozycyjnego posła Azema Hajdariego. Fatos Nano rozważał doprowadzenie do aresztowania Salego Berishy pod zarzutem zdrady.