wybierany do Zgromadzenia Albanii kilku kadencji (po raz ostatni w 2005), zasiadał w parlamencie łącznie przez blisko 20 lat. W wyniku wyborów z marca 1992 kierowani przez niego postkomuniści utracili władzę. W lipcu 1993 Fatos Nano został pozbawiony immunitetu, a następnie tymczasowo aresztowany. W kwietniu 1994 uznano go za winnego defraudacji pochodzących z włoskiej pomocy humanitarnej leków o wartości kilku milionów dolarów, za co został skazany na karę 12 lat pozbawienia wolności. Pozostał liderem socjalistów, którzy wyrok uznawali za represję polityczną. Na skutek ogłaszanych przez Salego Berishę amnestii kara została wkrótce obniżona do 4 lat. Prezydent odmawiał jednak jego zwolnienia bądź doprowadzenia do ponownego procesu, o co apelowały np. Amnesty International i Unia Międzyparlamentarna wskazujące na naruszenie praw procesowych. W reakcji na wprowadzane przepisy dekomunizacyjne odbywający karę polityk doprowadził do usunięcia przez swoją partię ze statutu odwołań do ideologii marksistowskiej i do potępienia reżimu Envera Hoxhy.