Jeszcze w 1744 r. Akenside opuścił Anglię, aby w Leiden zdać dyplomowy egzamin lekarski. Tytuł jego dysertacji to De ortu et incremento foetus humani (O szkielecie i wnętrznościach ludzkiego płodu). Po powrocie do Anglii bezskutecznie usiłował rozpocząć praktykę lekarską w Northampton. Opublikował list atakujący polityka Williama Pulteneya, Epistle to Curio, zarzucający mu zdradę ideałów liberalnych. W 1745 zaś wydał tomik Odes on Several Subjects, a rok później jeden ze swych najbardziej cenionych utworów - Hymn to the Naiads. Jego twórczość poetycka pozostawała w zgodzie z zasadami klasycyzmu, obejmując przede wszystkim poematy o podniosłym, retorycznym charakterze.
Jego kariera medyczna zaczęła się w tym momencie rozwijać - kontynuował studia w Cambridge, został członkiem The Royal College of Physicians (Królewskiego Kolegium Lekarzy), prowadził wykłady i odczyty. W 1759 został naczelnym lekarzem szpitala Christ's Hospital w Londynie - zarzucano mu jednak nieprzyjemny stosunek do uboższych pacjentów, co stanęło na przeszkodzie do dalszych sukcesów.
Po wstąpieniu Jerzego III na tron, Akenside zmienił swe dotychczasowe poglądy polityczne, zwracając się w stronę torysów.