W ten sposób, przy położonym na zachód od kibucu Miszmar ha-Emek, gospodarstwie Dżo’ara powstał ośrodek szkoleniowy Hagany. W latach 1938–1948 przeszkolenie przeszło ponad tysiąc oficerów, którzy później tworzyli podstawy Sił Obronnych Izraela. Podczas II wojny światowej Brytyjczycy utworzyli w Dolinie Jezreel kilka ważnych baz wojskowych – w 1942 roku na południowy zachód od miejscowości Afula powstała baza lotnicza RAF Megiddo, a na północny zachód baza lotnicza RAF Ramat Dawid. Powstanie tych bazy wiązało się ze wzrostem znaczenia strategicznego całej doliny. W tym samym czasie Brytyjczycy przystąpili do formowania żydowskich kompanii szturmowych Palmach. W kwietniu 1942 roku właśnie w kibucu Miszmar ha-Emek zorganizowano pierwszy kurs sabotażu dla komandosów kompanii Palmach. Ćwiczenia odbywały się wśród położonych na zachód od kibucu zalesionych wzgórz Wyżyny Manassesa i w otoczeniu bazy Dżo’ara. Gdy rok później Brytyjczycy zrezygnowali ze współpracy z Żydami i skonfiskowali broń, członkowie Palmach zaatakowali brytyjski magazyn broni w Hajfie, przejmując znaczną część uzbrojenia. Została ona ukryta w pobliżu Miszmar ha-Emek.