Poszukując skutecznego rozwiązania narastającego konfliktu izraelsko-arabskiego w dniu 29 listopada 1947 roku została przyjęta Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego ONZ nr 181. Zakładała ona między innymi, że kibuc Miszmar ha-Emek miał znaleźć się w granicach nowo utworzonego państwa żydowskiego. Arabowie odrzucili tę Rezolucję i dzień później doprowadzili do wybuchu wojny domowej w Palestynie. Na samym jej początku siły Arabskiej Armii Wyzwoleńczej zajęły pobliskie wioski i sparaliżowały żydowską komunikację w regionie. Następnie, w dniach od 4 do 14 kwietnia 1948 roku w okolicy doszło do bitwy o Miszmar ha-Emek. Dowodzeni przez Fauziego al-Kawukdżiego Arabowie po raz pierwszy użyli tutaj artylerii (było to 7 dział należących do syryjskiej armii). Dzięki brytyjskiej mediacji zdołano ewakuować wszystkie kobiety i dzieci z oblężonego kibucu. Pozostałe na miejscu siły żydowskiej Hagany zdołały odeprzeć arabski atak i utrzymały kibuc. Po pięciu dniach walk, jednostki Palmach zdołały przeprowadzić z rejonu Dżo’ara kontratak, przejmując inicjatywę i rozstrzygając losy bitwy na swoją korzyść. W całej bitwie obrońcy stracili 26 ludzi, i zajęli szereg okolicznych wiosek arabskich - w dniu 8 kwietnia 1948 al-Ghubaja al-Fauka i al-Ghubaja at-Tahta, a dzień później Abu Szusza. Izraelczycy w ten sposób zdominowali całą okolicę.