Do 1889 pełnił rozmaite funkcje w sztabie korpusu w Temeszwarze. W 1884 został awansowany do stopnia rotmistrza 18 Dywizji Piechoty w Mostarze. W 1889 stacjonował w Tarnowie, w szeregach słynnego Galicyjskiego Pułku Ułanów Nr 2. W czasie pobytu w tym garnizonie poznał swoją przyszłą żonę, Jadwigę Feger, z którą miał dwóch synów (jeden z nich zginął podczas I wojny).
20 marca 1893 ojciec Pflanzera w dowód zasług otrzymał tytuł szlachecki Edler von Baltin, podobnie jego syn Karl, który został uhonorowany w ten sam sposób 8 kwietnia tego roku. Został adoptowany przez wuja Josefa von Baltina, który przekazał mu tytuł barona.
W 1896 został przeniesiony do Komendy 11 Korpusu we Lwowie na stanowisko szefa Sztabu Generalnego. Na tym stanowisku 1 maja 1897 został mianowany pułkownikiem. 13 maja 1903 został mianowany na stopień generała majora ze starszeństwem z 1 maja tego roku i wyznaczony na stanowisko komendanta 32 Brygady Piechoty w Sybinie należącej do 16 Dywizji Piechoty. W 1905 został przesunięty w tej samej dywizji na stanowisko komendanta 31 Brygady Piechoty w Braszowie. Już wówczas dał się poznać jako wytrawny taktyk, zwolennik teorii, zgodnie z którą podwładni powinni doskonale rozumieć zamiary szefa.