Program nauczania był zróżnicowany, w znacznym stopniu dostosowany do potrzeb Kościoła.

Reformacja, która od lat 30. XVI wieku szybko rozprzestrzeniała się na ziemiach polskich, sprawiła, że liczba szkół parafialnych uległa znacznemu zmniejszeniu. Było to związane z odmiennym podejściem do oświaty. Przedstawiciele protestantyzmu postulowali bowiem, aby szkoły były prowadzone przez rajców miejskich – władzę świecką, a nie kościelną (protestanckie szkolnictwo).

Sobór trydencki (1545–1563) i kontrreformacja przyczyniły się do odzyskania wpływu Kościoła katolickiego na szkolnictwo. Od XVII wieku zmieniły się zadania szkół parafialnych: głównie przygotowywały one do służby kościelnej (ministrantura i muzyka liturgiczna), dawały także chłopcom podstawową znajomość czytania, pisania, czasami rachunków.

Zniszczenia po wojnach szwedzkich spowodowały pogorszenie kondycji i poziomu szkół parafialnych, zwłaszcza na wsiach. Proces ten pogłębił się w końcu XVII i 1. połowie XVIII wieku na skutek ogólnego upadku ekonomicznego i zaostrzających się różnic społecznych. Najwięcej szkół parafialnych było w Wielkopolsce i Małopolsce, słabsza była sieć tego szkolnictwa na ziemiach litewsko-ruskich, gdzie zaczęły one powstawać w XV wieku.