Utworzona w 1773 Komisja Edukacji Narodowej (KEN), mimo iż doceniała znaczenie tego szczebla nauczania, nie miała dostatecznych środków, by radykalnie zmienić jego stan.
Szkoły parafialne nadal pozostawały w gestii Kościoła. Zainteresowanie, które szkołom parafialnym okazywali biskup płocki Michał Poniatowski i biskup wileński Ignacy Massalski, na krótko tylko uwidoczniło się w zwiększeniu ich liczby. Pod wpływem działalności KEN i inicjatyw niektórych przedstawicieli oświeconej szlachty podniósł się nieco poziom nauczania w szkołach parafialnych, zwłaszcza w miastach. W nauczaniu zapanował język polski, zaczęto przyjmować dziewczęta.
Na początku XIX wieku szkoły parafialne zaczęły tracić na znaczeniu i zanikać na rzecz podporządkowanych władzom świeckim szkół trywialnych, a po 1874 roku na rzecz szkół publicznych, zwanych także ludowymi. Szkoły w miastach były podzielone na męskie i żeńskie, a szkoły na wsiach były tylko męskie. Dopiero od 1890 roku szkoły wiejskie zostały przemianowane na „mieszane” (koedukacyjne, czyli męsko-żeńskie).
Na wschodzie Polski, w Galicji, gdzie dominowało wyznanie greckokatolickie, w archieparchii lwowskiej i eparchii przemyskiej w I połowie XIX wieku powstawały szkoły parafialne przy cerkwiach.