Po ucieczce Henryka latem 1574 opowiedział się za natychmiastową elekcją z pominięciem konwokacji, a następnie za kandydaturą Stefana Batorego. W lutym 1576 towarzyszył Annie Jagiellonce podczas wjazdu do Krakowa, w marcu postulował jej koronację niezależnie od obecności prymasa.
W 1575 wykupił z rąk Jana Tarły, wojewody lubelskiego, wójtostwo bieckie wraz z dworem, gdzie odtąd rezydował.
Zasłużył się dla rozwoju gospodarczego Biecza, z którego mieszczanami i chłopami z wsi starościńskich pozostawał jednak w ciągłych zatargach na tle prowadzonej polityki. W 1574 r. rozpoczął intensywną rozbudowę murów obronnych tego miasta. U króla Stefana Batorego wystarał się o przywilej na trzeci roczny jarmark dla Biecza. Renesansowy nagrobek Mikołaja Ligęzy (1578) znajduje się w kościele Bożego Ciała w Bieczu (okazała rzeźba z postacią rycerza i płaskorzeźbą konia oraz kartuszem z herbami Półkozic, Leliwa, Nieczuja, Sulima).