Ligęza zbudował także w latach 1561–1576 nowoczesny beluard i fosę w zamku w Ogrodzieńcu.
Przyjął prawo miejskie w Krakowie.
We wrześniu 1582 opowiedział się po stronie przeciwników kanclerza Jana Zamoyskiego na sejmiku sandomierskim, ale nie należał do opozycji przeciw kanclerzowi w kolejnych latach i nie uczestniczył w konflikcie podczas bezkrólewia po Stefanie Batorym.
W styczniu 1603 protestował w Krakowie przeciwko wolnemu spławowi na rzece Ropie ustanowionemu przez sejmik proszowicki.
Jako senator wziął udział w sejmie zwyczajnym 1603 roku.
Rodzina Przed 25 kwietnia 1562 Ligęza poślubił Elżbietę Jordanównę, od 14 listopada 1560 wdowę po Stanisławie Bonerze. Elżbieta zachowywała znaczną niezależność od swego drugiego męża. Od lutego 1561 sprawowała jako kobieta obowiązki starosty bieckiego, co wzbudziło protesty posłów na sejm piotrkowski. Przekazała Ligęzie te obowiązki ok. 1565, a samo starostwo dopiero na mocy postanowienia sejmu lubelskiego z maja 1569. W sierpniu 1575 Ligęza zarzucił jej zdradę małżeńską z dwoma kochankami i próbę otrucia go. W maju 1576 para formalnie rozstała się na podstawie wpisów do Metryki Koronnej, w których skasowane zostały zapisy wzajemnego dożywocia na wszystkich dobrach, przyznana Elżbiecie opieka nad dziećmi w razie śmierci Mikołaja oraz oprawa jej posagu i wiana na jego dobrach.