Wreszcie na przełomie lat 1490/1491 znalazł się w Kairze ale swojego towarzysza Affonso de Paivy nie zastał. Jednak została mu przesłana potajemnie instrukcja króla Jana II nakazująca udanie się do Etiopii. Covilhao wysłał więc do Lizbony szczegółową relację z dotychczasowych podróży oraz mapę, sam zaś przyłączył się do pielgrzymów zmierzających do Mekki, a potem przez Morze Czerwone dotarł na wybrzeże afrykańskie i lądem podążył do Etiopii.
Gdy dotarł na miejsce na dworze negusa Aleksandra w 1491 bądź 1492 został przyjęty z należnymi honorami. Zastał tam kilku innych Europejczyków, od których dowiedział się, że Władcy Etiopii konsekwentnie przestrzegają polityki całkowitej izolacji od świata zewnętrznego. Wynikała z tego zasada, że każdy kto wkroczy na teren państwa, nie może go już nigdy opuścić. Kiedy po ponad dwudziestu latach w 1520 do Etiopii przybyło nowe poselstwo portugalskie, Pedro de Covilhao ciągle jeszcze co prawda żył i założył nawet rodzinę, lecz już nigdy nie powrócił do ojczyzny.