Czasy wojenne były ciężkie dla Zgromadzenia, 4 siostry zginęły podczas działań wojennych, 20 było aresztowanych, 7 na przymusowych robotach, 1 w obozie karnym, przeszło 70 wysiedlonych, a wiele więcej żyjących w rozproszeniu i ukrywało się. Tuż po wojnie rozpoczął się prężny rozwój, powstawały nowe placówki m.in. w Giżycku, Konstantynowie koło Łodzi, Olsztynie, Hajnówce, Mrągowie, Szczytnie, Morągu, Mławie, Reszlu i Ornecie, Kętrzynie i Lidzbarku. Siostry rozpoczęły w Polsce socjalistycznej prace w instytucjach państwowych i kościelnych, ale w czasach głębokiego komunizmu, gdzie realizowano sowiecki model społeczeństwa i państwa, ograniczano działalność przez odbieranie prowadzonych dzieł. Wówczas siostry utraciły część domów i dzieł prowadzonych.
Już w 1966 roku Zgromadzenie Sióstr Misjonarek rozszerzyło swoją działalność misyjną, wysyłając siostry do pracy apostolskiej w Stanach Zjednoczonych, w 1970 roku do Zambii, w 1976 roku - do Libii, zaś w 1990 roku do Kenii.