Partia brała udział w antyhitlerowskich protestach z października 1939 roku, przez co podporządkowany Stalinowi Komintern obwinił partię (ze względu na pozostawanie w mocy paktu Ribbentrop Mołotow) o „elementy szowinistyczne”Cohen, Yohanon, Small Nations in Times of Crisis and Confrontation, SUNY Press, 1989, , s. 110..
W czasie II wojny światowej wielu przywódców KSČ szukało schronienia w Związku Radzieckim, gdzie czynili przygotowania do wzmocnienia siły partii po wojnie. We wczesnym okresie powojennym komuniści czechosłowaccy, działając pod patronatem sowietów, przeprowadzili kampanię, która doprowadziła do przejęcia władzy w 1948. Kiedy tylko doszli do władzy, rozwinęli strukturę organizacyjną KSČ i tryb działania ściśle wzorując się na Komunistycznej Partii Związku Radzieckiego.