Działalność polityczna 28 września 2007 został oficjalnie wybrany kandydatem lewicowej partii Front Wyzwolenia Narodowego im. Farabunda Martíego (FMLN, Frente Farabundo Martí de Liberación Nacional) w wyborach prezydenckich w marcu 2009. W sondażach z marca 2008 miał 44% poparcia, co dawało mu niemal dwukrotną przewagę nad kandydatem Republikańskiego Sojuszu Narodowego (ARENA), Rodrigiem Ávilą. W lutym 2009 nadal prowadził w sondażach o kilka punktów procentowych.
W wyborach prezydenckich 15 marca 2009 zdobył 51,3% głosów poparcia, pokonując kandydata ARENA Rodrigo Ávilę. Zwycięstwo Funesa oznaczało koniec 18-letnich rządów prawicy, nieprzerwanie sprawującej władzę od czasu zakończenia wojny domowej w 1991. W czasie kampanii wyborczej Funes odrzucał krytykę o zamiarze przekształcenia kraju w państwo na wzór Wenezueli Hugo Cháveza i zapowiedział utrzymanie dobrych stosunków z USA. W swoim przemówieniu stwierdził, iż jego zwycięstwo jest zwycięstwem obywateli, którzy uwierzyli w nadzieję i domagają się zmian„Left-winger wins El Salvador poll”, BBC News, 16 marca 2009.„Salwador: Funes ogłasza zwycięstwo w wyborach”, gazeta.pl, 16 marca 2009..