1 czerwca 2009 został zaprzysiężony na stanowisku prezydenta. W swoim przemówieniu inauguracyjnym zapowiedział szereg zmian i odbudowę narodu„Maurico Funes takes office as president of El Salvador”, People’s Daily Online, 2 czerwca 2009.. W polityce wewnętrznej ogłosił „etyczną rewolucję”, zwrócenie większej uwagi na sprawy najbiedniejszych, uruchomienie szeregu programów socjalnych, rozwój budownictwa socjalnego (budowa 50 tysięcy budynków w miastach i na wsi), walkę z bezrobociem (stworzenie 100 tysięcy miejsc pracy), program wypłacania mikrokredytów przez Bank Narodowy oraz bezpłatną opiekę medyczną i szkolnictwo. W polityce zagranicznej zapowiedział zbliżenie z krajami Ameryki Łacińskiej, w tym z Boliwariańską Alternatywą dla Ameryki (ALBA)„Nowy prezydent Salwadoru objął urząd”, psz.pl, 2 czerwca 2009.. W uroczystościach w Salwadorze uczestniczyło 20 przywódców latynoamerykańskich, m.in. prezydent Hugo Chávez, prezydent Luiz Inácio Lula da Silva, prezydent Michelle Bachelet, prezydent Rafael Correa, prezydent Evo Morales, prezydent Daniel Ortega, wiceprezydent Kuby Esteban Lazo, a także sekretarz stanu Hillary Clinton.