Peter Stöger (ur. 11 kwietnia 1966 w Wiedniu) – austriacki piłkarz grający na pozycji ofensywnego pomocnika.
Kariera klubowa Stöger piłkarską karierę rozpoczął w amatorskim klubie o nazwie Favoritner AC. W 1986 roku przeszedł do Vorwärts Steyr, w barwach którego przez rok występował w rozgrywkach drugiej ligi i awansował z nim do pierwszej. W ekstraklasie austriackiej zadebiutował jednak w koszulce Austrii Wiedeń, do której trafił latem 1987. Od czasu przyjścia do stołecznego zespołu grał w nim w pierwszym składzie. W 1990 roku po raz pierwszy w karierze wygrał Puchar Austrii oraz Superpuchar Austrii (zdobywał go także w kolejnych trzech latach), a rok później został mistrzem kraju. W 1992 roku sięgnął z Austrią po dublet, a w sezonie 1992/1993 roku po drugi tytuł mistrzowski. W 1994 roku znów został zdobywcą austriackiego pucharu oraz wicemistrzem Austrii.
Latem 1994 Stöger został zawodnikiem Tirolu Innsbruck. W zespole tym grał przez rok i w 1995 roku wrócił do Wiednia, ale tym razem podpisał kontrakt z Rapidem Wiedeń. W 1996 roku wywalczył kolejny w karierze tytuł mistrza Austrii oraz dotarł do finału Pucharu Zdobywców Pucharów, jednak Austriacy przegrali w nim 0:1 z francuskim Paris Saint-Germain. W Rapidzie Peter występował do końca sezonu 1996/1997.