Latem 1997 Stöger przeszedł do LASK Linz. Zajął z nim 5. pozycję w Bundeslidze, a w 1998 roku wystąpił w Pucharze Intertoto. Na początku 1999 roku wrócił do Austrii i gał w niej przez półtora roku, ale nie osiągnął już takich sukcesów jak na przełomie lat 80. i 90. W 2000 roku został piłkarzem Admira Wacker Mödling, jednak w 2002 roku spadł z nią do drugiej ligi. Ostatnie dwa lata kariery Peter spędził w innym drugoligowcu, SC Untersiebenbrunn. W 2004 roku zdecydował się zakończyć karierę. Liczył sobie wówczas 38 lat.
Po zakończeniu kariery Stöger pracował jako skaut w Austrii Wiedeń oraz jako asystent trenerów Frenkie'go Schinkelsa i Larsa Søndergaarda. Był też dyrektorem sportowym w tym klubie.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1986/87 Vorwärts Steyr
2.