Łącznie dla Lens francuski piłkarz rozegrał 134 pojedynki w Ligue 1, w których tylko dziewiętnaście razy wpisał się na listę strzelców.
W trakcie sezonu 2006/2007 Thomert przeniósł się do Stade Rennais w ramach wymiany za Oliviera Monterrubio. W Rennes o miejsce w składzie Francuz znów rywalizował z Johnem Utaką i Danielem Moreirą, a także z Jimmym Briandem. Latem 2007 z klubu odszedł Nigeryjczyk, jednak w jego miejsce przybył doświadczony Sylvain Wiltord. Mimo wszystko Thomert regularnie dostawał szanse gry od trenera Guy Lacombe’a. Od sezonu 2009/2010 jednak rzadko kiedy pojawiał się na placu gry, bowiem w linii ataku częściej grali Ismaël Bangoura, Asamoah Gyan, Moussa Sow oraz Jirès Kembo Ekoko.
Latem 2010 Thomert podpisał kontrakt z beniaminkiem hiszpańskiej Primera División – Hérculesem.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki Europejskie puchary Mecze Bramki 1999/00 Le Mans UC 72 Division 2 4 1 – – – 2000/01 16 0 2001/02 24 5 2002/03 RC Lens Ligue 1 24 0 Liga MistrzówPuchar UEFA 42 10 2003/04 36 5 kw. do Pucharu UEFAPuchar UEFA 23 00 2004/05 28 6 – – – 2005/06 29 6 Puchar IntertotoPuchar UEFA 77 11 2006/07 17 2 Puchar UEFA 3 0 Stade Rennais 11 0 – – – 2007/08 25 5 Puchar UEFA 4 0 2008/09 23 4 Puchar Intertotokw.